Pada 1 Julai 1974 kerajaan telah bersetuju menubuhkan Jabatan Sekolah-Sekolah Agama Kelantan (JASA), dan jabatan ini diletakkan di bawah Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan, Nilam Puri melalui Enakmen No. 9 tahun 1969. Enakmen ini kemudiannya dipinda dan diletakkan di bawah Enakmen baru No. 3 tahun 1977.  

Pada 29 Julai 1976 Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri telah bersetuju mengambil alih enam buah sekolah agama di bawah pentadbiran Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan (MAIK), iaitu :

1. Madrasah Muhammadiah (Kota Bharu)
2. Madrasah Falahiah (Pasir Pekan, Tumpat)
3. Madrasah Amir Indera Petra (Beris Kubor Besar, Bachok)
4. Madrasah Yaakubiah (Nipah, Bachok)
5. Madrasah Arabiah (Pasir Mas)
6. Madrasah Syamsul Maarif (Pulai Chondong, Machang).

Pengambilalihan ini termasuk sekolah-sekolah yang pentadbirannya diluluskan oleh MAIK yang dilaksanakan mengikut sukatan pelajaran yang digubal oleh MAIK, tetapi dengan guru-guru yang dilantik dan dibiayai sendiri oleh Jawatankuasa Kemajuan Sekolah masing-masing.

Pada 22 Mac 1979, pentadbiran sekolah-sekolah agama Kelantan berpindah daripada JASA kepada Yayasan Pelajaran Islam Negeri Kelantan (YPINK) melalui satu enakmen Bil. 5, tahun 1979. Enakmen ini mula berkuatkuasa pada 1 Jun 1979, yang tertakluk terus kepada pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri sebagai badan berkanun. Penubuhan ini bertujuan :

1)  Meningkatkan taraf pendidikan dan pelajaran agama dalam negeri ini supaya seimbang dengan keperluan ummah dan negara
2)  Bagi memaju dan melayakkan sekolah-sekolah agama di negeri menjadi saluran kepada pusat-pusat pengajian di dalam dan di luar negeri 
3)  Mewujudkan pengurusan dan pentadbiran yang licin dan cekap bagi menjamin supaya sekolah agama akan berkembang maju.

Pada 1 Mac 1983 satu enakmen baharu iaitu Enakmen Kelantan Bil. 8/1982 yang dinamakan Yayasan Islam Kelantan (YIK) telah dikuatkuasakan bagi menggantikan Enakmen Bil. 5/1979 Yayasan Pengajian Islam Negeri Kelantan (YPINK) yang telah dimansuhkan.

Berikutan penukaran nama ini, pejabat YIK yang bertempat di bangunan Yaakubiah, Lundang, Kota Bharu dipindahkan ke bangunan asrama sementara Yayasan Pengajian Tinggi Islam Kelantan (YPTIK) di Nilam Puri pada 4 Jun 1983. 

Yayasan Islam Kelantan secara rasmi mula beroperasi di bangunan baharu yang terletak di lebuhraya Salor-Pasir Mas mulai 1 Februari 2021. Bangunan 3 blok yang mengandungi pejabat pentadbiran mula dibina mulai 23 April 2017 dan siap sepenuhnya 10 Jun 2020 dengan kos RM11,714,942.70. Bangunan yang dinamakan “Kompleks Pentadbiran Yayasan Islam Kelantan” ini menempatkan pegawai dan kakitangan Bahagian Pengurusan, Bahagian Sekolah, Bahagian Akademik dan Bahagian Kenaziran.

Turut disediakan pejabat YB. Dato’ Dr. Pengerusi Jawatankuasa Pembangunan Insan, Pendidikan, Pengajian Tinggi, Sains dan Teknologi Negeri Kelantan. Perpindahan kali ini merupakan perpindahan bersejarah sejak daripada penubuhannya 1974 dengan memiliki bangunan sendiri. Sebelum ini Pejabat YIK berada di Bangunan MAIK di Lundang, kemudian berpindah ke Nilam Puri, seterusnya beroperasi di Istana Nilam, sebelum berpindah ke bangunan Pusat Bahasa Arab Nilam Puri pada tahun 1996. Majlis solat hajat menduduki bangunan baharu telah disempurnakan oleh YAB Dato’ Bentara Kanan, Dato’ Hj. Ahmad bin Yakob pada 24 November 2020 bersama ahli mesyuarat Lembaga Yayasan Islam Kelantan. Bangunan baharu yang terletak bersebelahan stesen Minyak BHP–YIK memberi inspirasi baharu kepada semua warga YIK dengan kemudahan yang lebih baik dan selesa.